Στις παρυφές του άλσους Χαϊδαρίου, αριστερά της Ιεράς Οδού, που εξακολουθεί από την αρχαιότητα να οδηγεί από την Αθήνα στην Ελευσίνα, και στη θέση πιθανότατα του αρχαίου ιερού του Δαφναίου ή Δαφνίου Απόλλωνα, βρίσκεται το οχυρωμένο μοναστήρι του Δαφνιού.


Το μοναστήρι προστατεύεται από οχυρωμένο με πύργους και επάλξεις τετράγωνο περίβολο με δύο πύλες εισόδου, στην ανατολική και τη δυτική πλευρά. Παράλληλα προς τις τέσσερεις πλευρές του οχυρού περιβόλου, αλλά σε μικρή απόσταση από αυτές, διατηρούνται τα ερείπια κτισμάτων, ίσως των αρχικών κελιών. Στο εσωτερικό του οχυρού δεσπόζει το Καθολικό, δηλαδή ο ναός της Μονής, ενώ βόρεια βρίσκονται τα ερείπια της τράπεζας (δηλαδή τραπεζαρίας). Στην νότια όψη του Καθολικού υπήρχε τετράγωνος αύλειος χώρος με τοξοστοιχίες, πτέρυγες κελιών και βοηθητικά κτίσματα που ανακαινίστηκαν ή ανοικοδομήθηκαν αρκετές φορές μέσα στα χίλια χρόνια ύπαρξης του μνημείου, όπως έδειξαν παλαιότερες και πρόσφατες ανασκαφικές έρευνες.


Το Καθολικό χρονολογείται στον 11ο αι. και ανήκει στον οκταγωνικό τύπο, που υιοθετείται στους μεσοβυζαντινούς χρόνους από σειρά σπουδαίων μνημείων όπως τα καθολικά της μονής Οσίου Λουκά και της Νέας Μονής Χίου. Δεν έχει ακόμη διευκρινιστεί αν ο τύπος αυτός δημιουργήθηκε στην Κωνσταντινούπολη. Κύριο χαρακτηριστικό του είναι οι μεγάλες διαστάσεις του τρούλου και ο τρόπος στήριξής του, που αφήνουν ενιαίο και ελεύθερο τον κεντρικό χώρο. Σύγχρονος με το ναό είναι ο νάρθηκας στη δυτική πλευρά, ενώ λίγο αργότερα προστέθηκε εξωνάρθηκας ή προστώο με όροφο που κάλυπτε επίσης τον νάρθηκα και μέρος του κυρίως ναού. Στη διάρκεια της Φραγκοκρατίας, μετά από σοβαρές βλάβες που προκάλεσε σεισμός, οι Κιστερκιανοί μοναχοί που κατείχαν την μονή έκαναν εκτεταμένες ανακατασκευές στον εξωνάρθηκα, ενώ η κρύπτη που βρίσκεται κάτω από το νάρθηκα μετατράπηκε σε μαυσωλείο για την ταφή των δουκών της Αθήνας.


Δυτικά του εξωνάρθηκα προσκολλήθηκε στους όψιμους χρόνους της Τουρκοκρατίας παρεκκλήσι με την αψίδα του ιερού προς Βορρά.

Η εξαιρετικά φροντισμένη κατασκευή του καθολικού με δόμους περίκλειστους από σειρά τούβλων, η πλούσια κεραμοπλαστική διακόσμηση γύρω από τα παράθυρα και ο πολυτελής διάκοσμος στο εσωτερικό, με τα μοναδικής τέχνης επιτοίχια ψηφιδωτά, τις ορθομαρμαρώσεις και τον μαρμάρινο διάκοσμο, του οποίου δείγματα μόνον σώζονται, συνδέουν την ίδρυση του μνημείου με κύκλους της αυτοκρατορικής αυλής. Ο ψηφιδωτός διάκοσμος που καλύπτει τις ψηλότερες επιφάνειες, αποτυπώνει εικαστικά το δόγμα της εκκλησίας. Ακολουθείται το καθιερωμένο εικονογραφικό πρόγραμμα των μεσοβυζαντινών ναών με τον Παντοκράτορα στον τρούλο, πλαισιωμένο από προφήτες, την Παναγία στην κόγχη του ιερού με τη συνοδεία αρχαγγέλων, παραστάσεις του Ευαγγελισμού, της Γέννησης, της Βάπτισης και της Μεταμόρφωσης στα τέσσερα ημιχώνια κάτω από τον τρούλο, σκηνές από τη ζωή του Χριστού και της Παναγίας, αγίους και ιεράρχες. Οι μορφές, με άριστες αναλογίες και συγκρατημένες κινήσεις, καθώς προβάλλονται επάνω σε χρυσό βάθος μοιάζουν ανάγλυφες και θυμίζουν κλασικά και ελληνιστικά πρότυπα.


Η έκφραση στα πρόσωπα των αγίων χαρακτηρίζεται από υψηλό ήθος και ευγένεια, ενώ η απόδοση ιδιαίτερων χαρακτηριστικών γίνεται με σπάνια δεξιοτεχνία.

Ο Παντοκράτορας στον τρούλο, η μεγαλύτερη σε μέγεθος και κλίμακα παράσταση της μονής Δαφνίου, επιβάλλεται στον κεντρικό χώρο του ναού με την ιδιαίτερη αυστηρότητα αλλά και γλυκύτητα της έκφρασης που δεν είναι δυνατόν να αποδοθούν φωτογραφικά.

Κατά την μεταβυζαντινή περίοδο η μονή αποδόθηκε στους ορθόδοξους μοναχούς και φιλοτεχνήθηκαν οι αποσπασματικά σωζόμενες τοιχογραφίες στον κυρίως ναό που απεικονίζουν την Δέηση, την Θυσία του Αβραάμ, ολόσωμους αγίους, ιεράρχες και διακοσμητικά θέματα (17ος και 18ος αι.).


Μετά το 18ο αι. η μονή παρακμάζει σταδιακά διότι υφίσταται συχνά ληστρικές επιδρομές. Στον 19ο αι. για μικρό χρονικό διάστημα (1883-1885) στο μοναστήρι στεγάστηκε το Δημόσιο Ψυχιατρείο.

Οι εργασίες στερέωσης και αποκατάστασης του συγκροτήματος και συντήρησης του ψηφιδωτού διακόσμου του καθολικού άρχισαν από τα τέλη του 19ου αιώνα και συνεχίζονται κατά διαστήματα μέχρι σήμερα από την Αρχαιολογική Εταιρεία αρχικά και σε συνέχεια την Αρχαιολογική Υπηρεσία. Οι εργασίες συνολικής αποκατάστασης της μονής εντατικοποιήθηκαν μετά τον καταστροφικό σεισμό του 1999. Για το λόγο αυτό ο χώρος δεν ήταν επισκέψιμος μέχρι την άνοιξη του 2007.